Das Logo der Kirchlichen Gedenkstättenarbeit zeigt einen Güterwaggon, der in der NS-Zeit von der damaligen „Deutschen Reichsbahn benutzt worden ist und der heute auf dem Gelände der KZ-Gedenkstätten Neuengamme an der Stelle steht, an der sich in der KZ-Zeit der „Lagerbahnhof“ befand.
Waggons dieser Art erinnern oft an die nationalsozialistischen Verbrechen, etwa an bekannten Orten wie Jad Vashem oder Bergen-Belsen, aber auch an weniger bekannten Stellen wie beispielsweise vor der Schule Meerweinstraße in Hamburg-Winterhude.
In der NS-Zeit wurden viele Millionen Menschen mit Güter-, Vieh- und Kohlenwaggons der Bahn in Konzentrations-, Vernichtungs- Zwangsarbeits-, Kriegsgefangenen- und andere Lager gebracht und zwischen Lagern hin und her transportiert. Eine große, unbekannte Zahl von Menschen kam auf diesen Transporten ums Leben. Der Waggon ist ein Symbol für die Verbrechen des NS-Systems, das Menschen zum Material machte, das beliebig verschoben, verbraucht oder vernichtet wird. Er steht für den größenwahnsinnigen Versuch, die Welt in einer menschenverachtenden, allen Grundsätzen unseres Glaubens widersprechenden Weise neu zu ordnen, der nur in dem bekannten erschreckenden Ausmaß umgesetzt werden konnte, weil an vielen Stellen „kleine Räder“ das System funktionsfähig machten und erhielten.
Das Logo hat also sowohl einen Bezug zu dem Standort als auch zu dem Thema der Kirchlichen Gedenkstättenarbeit Neuengamme.