Die Kirchliche Gedenkstättenarbeit an der KZ-Gedenkstätte Neuengamme besteht seit mehr als 25 Jahren. Anfang der 1980er Jahre haben der damalige Pastor der Kirchengemeinde St. Johannis zu Neuengamme, Jürgen Köhler, und einige Gemeindeglieder die Auseinandersetzung mit dem KZ Neuengamme  für sich als Aufgabe entdeckt. Mit großem ehrenamtlichen Engagement konnte dieser Arbeitsbereich in den folgenden Jahren ausgebaut werden.

1992 richtete der Kirchenkreis Alt-Hamburg der Nordelbischen Evangelisch-Lutherischen Kirche eine eigene Pfarrstelle mit dem Schwerpunkt „Kirchliche Gedenkstättenarbeit" ein. Das neue Pfarramt wurde bis 1998 von seinem Initiator Pastor J. Köhler geleitet. Von 1999 bis 2012 übernahm Pastor Veit Buttler diese Aufgabe. Sein Nachfolger wurde im Februar 2012 Pastor Hanno Billerbeck.

Seit 1995 begleitet ein Beirat die Aktivitäten des Gedenkstättenpfarramtes und des Arbeits- und Förderkreises Kirchliche Gedenkstättenarbeit.